一个研究民间传说的教授打开了一本禁书, 被日本古代的雷电邪神占据了,邪神 一心想要回到并统治世界. 超能力研究防御局派地狱男孩和一组特工区调查这件案子, 进行过程中, 当地狱男孩拿起一把武士刀时,他进入了充满了日本传说的世界, 这个世界充满了各种各样的鬼魂和怪兽. 特工Kate Corrigan和Russell Thorne开始跟踪被控制的教授想要找到并将地狱男孩带回到人类世界.

故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受攻击，於是Milo  、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查，却发现攻击者并不是机器龙虾，而是其他神秘的力量。渡过这次危机之後，Kida  为了找出魔幻水晶最适合的安排方式，便和  Milo  与探险队员踏上旅程，她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定，到底该把魔幻水晶拿来运用呢？还是将其永远隐藏起来？