住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。

外表平凡的安艺伦也（松冈祯丞 配音）是一个标准的御宅族，对ACG文化十分着迷的同时，亦是同时游戏社团的制作人。某日，安艺伦也遇见了名为加藤惠（安野希世乃 配音）的少女，尽管走在人群中的惠毫不起眼，没有任何特色，但安艺伦也还是情不自禁的喜欢上了这个身上散发着奇妙气场的少女。

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。