兔二、玄影等功夫学校的小伙伴们每天在学校里开心的练武，快乐的生活。突然有一天，功夫学校对面一夜之间冒出一家充满科技感的“神府学校”，吸引了大批小朋友去报名。于是，两家学校就开始了一场“传统”与“科技”的较量……。功夫学校的老师接连失踪，同学一个个离去，兔二、玄影两个性格迥异的孩子默默的守护着自己深爱的学校。这时，一些奇奇怪怪的机器人出现在他们的面前…… 咔嚓、咔嚓、 呲………

《功夫小兔侠》讲述了一所神秘院校神府学校崛起。功夫学校师生为什么都一个个倒向神府学校？这所学校到底隐藏着什么阴谋？兔二和伙伴们又是如何化解这场危机的？