铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了威胁人类的危机。　　从异世界出现的怪物究竟是？它们的目的是？　　假面骑士铠武将如何拯救全人类的危机？他的对手骑士的命运会是？在混沌的现代社会，为贯彻信念而战，简直就是假面骑士的战国时代！用鲜艳的水果lock seed变身，厚重感满溢的骑士战斗要开始了!

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳 饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘 饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度解决掉身边的怪人，身处昭和和平成的两代正义战士见面，但紘汰对于这个和父亲年龄相仿的传奇假面骑士充满不解。在此期间，假面骑士decade门矢士（井上正大 饰）正积极联络这个世界上的15名平成假面骑士，他也与紘汰取得了联系。接二连三的恐怖事件显而易见出自巴丹帝国之手，而他们的目的正是毁灭全人类。积极备战的平成骑士遭遇本乡猛率领的昭和骑士战队。本乡猛却认为巴丹帝国的泛滥根源，全与平成假面骑士有关。两代人，两代战士，双方各执一词，互不相让，最终矛盾升级，假面骑士之间的战争全面爆发。与此同时，巴丹帝国的邪恶计划仍不可遏止地进行当中。随着另两支正义队伍烈车战队特急者和兽电战队强龙者的加入，正义战士们的对决变得愈加扑朔迷离…

20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经正义一方的泊进之介（竹内凉真 饰）则沦为修卡特状课的走狗。修卡丧尽天良，从小污染少年儿童纯洁的心灵。假面骑士BLACK南光太郎（倉田てつを 饰）决不允许如此恶行发生，他孤身一人和修卡展开对抗，而进之介则与之展开连番对抗。战斗之中，光太郎的义举和修卡的丑恶行径让进之介的良心大受触动。而就在此时，假面骑士3号的变身者黑井响一郎（及川光博 饰）突然出现，他正是左右着历史进程的关键人物…