故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就 是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。　　不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠 配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选，一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。

为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。

这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。　　人的细胞数量，约为37兆2千亿个。　　细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。　　运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。

以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……