自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子 配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。日复一日的寻常生活让兰顿感到十分压抑，只有一件事情能够激起他的兴趣，那就是在青年之中十分流行的“滑空”运动。兰顿十分仰慕滑空天才霍兰德（藤原启治 配音），一直希望能够加入他的组织“月光洲”。　　某日，一位名叫优莱卡（名冢佳织 配音）的神秘女孩驾驶着一架故障的LOF从天而降落到了兰顿的家中，随后，军队赶到，似乎在对优莱卡进行追捕。兰顿凭借着自己的勇气和实力战胜了军队，并因此而获得了加入月光洲的机会，少年平凡的命运就此改变。

為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。　　随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。　　《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。

喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……