故事以2020年东京奥运会之后的日本为背景，通过“极普通的家庭故事”，讲述了在日本逐渐沉没的情况下，面对终极选择的人们的现实生活。

小糸侑（高田忧希 配音）是一名平凡的女子高中生，也是朋友们心目中的“好好先生”，可只有她自己心里明白，每当自己面对别人付出的感情时，都会感到巨大的隔阂。喜欢帮助别人也并不是因为自己天性如此，只是不懂得如何拒绝而已。

C.E.75 ，战斗还在持续着。　　来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……　　为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS　成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。　　就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。

世界观　　故事发生在时间和地点皆无法判明的超未来。　　世界由高度发达的网络（软件）和作为其现实载体的超构造体（硬件）所构成。本该是得益于科技繁荣发展的人类却由于一场灾难丧失了连接网络的资格和能力（相当于公民权）。　　没有了支配者的AI依据管理规定开始排斥失去了网络连接资格的人类。而忘却了曾经的繁荣的人们，只能在管理系统的阴影下苟且偷生。本作的舞台就被设定在这样一个人类日渐衰亡的世界。　　都市构造体　　作为舞台的世界就像一个巨大的高楼或者说是连接了所有建筑的巨大都市。大部分为超构造体所遮蔽，形成了阶梯结构。由于建设者的失控，都市构造体正在无止境地扩大之中，就本作故事发生的时间为止至少已抵达木星轨道面。根据统治局描述，正是都市的这样漫无目的地成长从根本上导致了波及全世界的混乱。其结果毋庸置疑的人口密度极度下降。　　环境　　就都市构造体所涉及的范畴由于其间散布的纳米机器...

宇宙世纪0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡，由此引发了连番的动乱，许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年，爱德华·玛斯（池田秀一 配音）以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里，他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛（柿原彻也 饰）互相赏识，成为模拟好友。 宇宙世纪0077年，学生们揭竿而起，发起了针对地球联邦军的武装起义。对夏亚来说，他的复仇也由此拉开序幕……