战国时代，为了成长成为一名出色的忍者，贫民之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰）进入了一流的忍者学校忍术学园学习。就读于一年叶组（一年は组）的乱太郎结识了好吃贪睡的新兵卫（木村风太 饰）、干着多份兼职的孤儿雾丸（林辽威 饰）以及许多同龄好朋友。小忍蛋们每日的学习紧张有趣，搞怪不断。在第一年的暑假，四年叶组的齐藤鹰丸（沟口琢矢 饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史 饰）遭到刺客万寿鸟（竹中直人 饰）和土寿鸟（石垣佑磨 饰）的袭击。由此引发了忍术学园和稗田八方斋（松方弘树 饰）率领的毒竹忍者队的大对抗。究竟谁能敲响打鸣寺的钟声？忍蛋和毒竹忍者的对决就此展开……　　本片根据尼子骚兵卫连载长达26年之久的国民漫画《落第忍者乱太郎》改编。

座頭市は幼い頃の思い出を忘れかね、今は見えぬ目ながら初日の出を拝もうと妙義山に急いでいた。途中ふとしたことから新助と名乗る旅人から手紙をことづかり、笠間の宿の旅籠、むさしやの女中お仙に届けた。市はそこで行方知れずの父を訪ねる、お咲に会った。一方土地の親分甚兵衛は芸人たちの足元を見て、ショバ代を四分六で寄こせと難題を吹きかけてきた。宿の芸人達は怒ったが、代官、加島と結びついた二足わらじにはどうすることもできなかった。そんなある夜、むさしやに新助が舞いもどった。新助は、代官甚兵衛の命令で、江戸へ強訴したお咲の父を殺した。しかし代官に通じてあるという甚兵衛との約束は被られ、追手におわれて宿に逃げこんだのだった。しかし非情な甚兵衛は、そんな新助をめった斬りにした。ふとしたことからこれを立ち聞した市も何も知らないお咲に真相を打明ける勇気はなかった。そんなある日...