这是个异形生物所支配的世界。人类处于生物链最下端，面临灭绝的危机。某一天，森林的守护者·格雷姆与一名人类少女相遇，故事也就此展开。森林守护者与人类女孩之间，如同父女之间的羁绊又将描绘出一篇怎样的故事呢？

「思い出して、翅（はね）があったころのことを」　　1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。　　太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島。　　美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。　　学園には、全国から優秀な子どもが集められ、　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。　　「想星合体！　GO、アクエリオン！」　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。　　宿命を背負った少年少女は、　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...