异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中……救了他俩的是艾斯·奥特曼。艾斯把自己的生命溶入了二人的体中。

　　

　　背景設定在史前一萬一千五百年前，有一個名為瓦斑的大陸沈沒了。瓦斑人於是在地底建立了他們的都市，並開始在地底生活。　　直到二十世紀，古代怪獸復活，加上宇宙人入侵地球，瓦斑人的長老就派遣主角·米沙基到地面世界，亦把變身用的火焰棒交給他。　　米沙基把身份轉變成古生物及地質學研究生岬大介，並加入組織SAF，以火焰超人的真身，為保護地面世界而戰。