宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。　　RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。　　其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。　　然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。　　不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。　　宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

多田光良（中村悠一 配音）是一位平凡的高中二年级学生，祖父经营着一间和他同名的咖啡店。多田的梦想是能够成为一名摄影师，因为这是他已故的父亲的职业，多田希望自己有朝一日能够继承父亲的衣钵。一次偶然之中，多田在街上邂逅了名为特蕾莎（石见舞菜香 配音），特蕾莎是一位金发碧眼的德国女孩，来到日本留学。　　多田帮助了迷了路又与同伴走散的特蕾莎，并将她带到了祖父的咖啡店中，令特蕾莎对他产生了深刻的印象。之后，特蕾莎成为了多田的同班同学，并结识了个性大大咧咧十分喧闹的伊集院薰（宫野真守 配音）、脑袋里不知道在想些什么的杉本一（梅原裕一郎 配音）等人。

由于父母双亡，年纪轻轻的古宫柚子（堀江由衣 配音）成为了古董店八百万堂的老板娘，虽然无依无靠，但有着茧（户松遥 配音）的陪伴，柚子并不觉得孤单。茧并不是人类，而是一只寄居在店里的猫神，专门守护被人们遗忘的记忆。　　在茧的召唤下，各路神灵开始在八百万堂内聚集。个性单纯天真可爱的樱神芳乃（斋藤千和 配音），虽为女性但和茧有着结婚约定的正仓院笹鸣（茅野爱衣 配音）以及爱慕着柚子但有些害羞的狐神弓太（三瓶由布子 配音）。这些神仙虽然有着神奇的能力，但个性上却都有着天然呆的一面。在打打闹闹中，八百万堂新的一天又开始了。