被热爱职业摔跤的父亲从小悉心培养长大的华园光（后藤邑子 配音）是个摔跤高手，她从没碰到过对手，直到泷岛彗（福山润 配音）的出现。为了打败彗，光说服父亲考进了白选馆学园高校，并进入了S•A班。所谓S•A班就是special A班，尖子班中的尖子班，只有全年级前七名的精英学生才能进入S•A班。但是光在这里依然打不败全年级第一的彗，还被彗戏谑地称作永远的第二名。除了彗和光，S•A班里还有第三名、第四名的天才音乐家的孩子山本纯（代永翼 配音）和山本芽（高垣彩阳 配音）双胞胎兄妹；第五名的学院理事长的儿子狩野宙（下野紘 配音）；第六名的航空公司社长千金东堂明（生天目仁美 配音）；第七名的体育用品公司社长的儿子辻龙（堀江一真 配音）。光一次次挑战彗的故事还在继续……

1989年，日本。　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。

被后世称作“魔法少女事变”的，炼金术士卡萝的世界解剖计划被阻止的数周之后。立花响以最大最强的敌人为对手展开格斗，被其压倒在地任凭摆布。面对的威胁——其名为“暑假作业”。作为学生的本分，避无可避的命运残酷到束手无策，无情到无可抗拒。为什么会变成这样呢？心灵仿佛要被碾碎一般，回首过去的响。去了海边。也去了山上。因为与新的朋友们做了约定，以此为理由，充分享受了各处的夏日祭，晚上也像个傻瓜一样大张着嘴仰望烟花。在盂兰盆节离开学生宿舍，回到千叶的老家。久违的家人团聚。

这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。　　世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年——　　新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。　　从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。　　作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。　　在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……

游戏业界是一个与现实相异的世界，存在着四个由女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee，四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开长期战争。但是，因惧怕长期战争导致国力衰弱，女神们最终缔结了禁止武力争夺Share的《友好条约》。就这样，游戏业界迈向崭新的未来，四个国家的女神和候补生妹妹也开始了新的生活——。