看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。　　这就是我们奇迹调查官的义务——　　天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。　　两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”——　　那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。　　在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。　　在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件——　　天才神父组合的事件簿，开幕！

故事发生在大正十四年，那是一个女子地位极其卑微的年代，除了在家相夫教子，女孩们几乎没有别的出路。然而，就是在这样的年代中，不愿为命运所桎梏的大小姐小笠原晶子（中原麻衣 配音）下定了一个可以说是疯狂的决心——成立一支女子棒球队。

齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。

因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。