改编自日漫《虫笼的卡伽斯特尔》的《Cagaster of an Insect Cage》背景是后末日时代，一种神秘病毒「Cagaster」会令人类转变成杀人昆虫，而一对伴侣得在此环境中挣扎求存。

约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。　　2014年，处于休战状态的地球与火星正在进行和平谈判。火星“薇瑟帝国“公主艾瑟依拉姆（雨宫天 配音）以亲善大使的身份访问地球，为打破坚冰做出努力。她的游行车却在日本新芦原市遭到恐怖分子的导弹攻击。火星帝国将其视为地球的宣战公告，随即对地球各国发出攻击，两个星球间的战火再次爆发。受过格斗技与人形战斗兵器训练的地球高中生界冢伊奈帆（花江夏树 配音）与伙伴们加入机甲骑兵战斗。与此同时，公主的侍从斯雷因（小野贤章 配音）亦卷入战争，为救出帝国公主而努力。

故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。　　瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨 配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。

故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。　　为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。

沃斯帝国公主艾瑟依拉姆·薇瑟·艾莉欧斯亚（アセイラム・ヴァース・アリューシア）以亲善大使的身份访问地球，在其身后目送其离开的则是于地球出生而在火星上长大的少年斯雷因·特洛耶特（スレイン・トロイヤード）。然而，她的游行车队随后在新芦原市遭到恐怖分子的导弹攻击，前线的火星骑士将其视为地球的宣战公告，纷纷将停驻于地球卫星轨道的扬陆城降落地球，对世界各国展开攻击，地球与火星间的战火再次爆发。byyakubd.cc

因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。　　在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。

故事发生在一个名为“迷路镇”的小镇之中，在这里，居住着很多以占卜为职业的占卜师，他们被称为“Urara”。活泼可爱的少女千矢（原田彩枫 配音）千里迢迢来到迷路镇，她希望能在这里见到一直都在寻找的母亲，在这座拥有着神奇力量，因缘交汇的小镇，千矢的梦想能够化为现实呢？　　出生于名门茶屋的巽绀（本渡枫 配音）、含着金汤匙出生但格外平易近人的千金大小姐雪见小梅（久保由利香 配音）、胆小害羞，擅长操纵人偶的枣乃乃（佳村遥 配音），千矢在迷路镇和这三位可爱的少女相遇了，志同道合的四人一拍即合，共同朝着目的地枣屋进发。

所谓的“白箱”，是指在动画放送之前，专门制作赠送给参与了动画制作的工作人员们的录像带，其本身拥有着令人感动的悠久历史，因为这些录像带通常都被装在白色的盒子里，所以被成为“白箱”。　　一直坚守着自己理想的制作人宫森葵（木村珠莉 配音）、个性认真但有些懦弱的原画师安原绘麻（佳 村遥 配音）、怀才不遇的声优坂木静香（千菅春香 配音）、CG画师藤堂美沙（高野麻美 配音）和容易沉迷与自身兴趣爱好的剧本作家今井绿（大和田仁美 配音），五个个性迥异的女孩，朝着顺利完成白箱的梦想共同努力迈进，在这条并不轻松的道路上，会发生哪些有趣的故事呢？

美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。