昭和38年，明石组系与神和会系两派发动的广岛战争愈演愈烈，期间不断有无辜市民遇害。受舆论和民众的巨大压力，警方动员所有力量，发动名为“顶上作战”的打击黑势力的行动。　　广能昌三（菅原文太 饰）为壮大实力，说服中立派义西会会长冈岛友次（小池朝雄 饰）加入明石一派。同时，广能组干部河西清（八名信夫 饰）被刺，双方战争扩大化，袭击事件频发。明石组岩井（梅宫辰夫 饰）出计借河西葬礼之际集结西日本同盟，给山守组突然袭击。然计划被打本（加藤武 饰）泄漏，山守义雄（金子信雄 饰）向警方检举，广能被捕。之后广能组成员遇袭、冈岛被刺等一系列事件使明石一派处于劣势。但很快义西会干部藤田正一（松方弘树 饰）填补空缺，和山守组少壮派武田明（小林旭 饰）展开新一轮对抗。　　而警方针对所有黑帮干部的行动也同时开始……

　　背景設定在史前一萬一千五百年前，有一個名為瓦斑的大陸沈沒了。瓦斑人於是在地底建立了他們的都市，並開始在地底生活。　　直到二十世紀，古代怪獸復活，加上宇宙人入侵地球，瓦斑人的長老就派遣主角·米沙基到地面世界，亦把變身用的火焰棒交給他。　　米沙基把身份轉變成古生物及地質學研究生岬大介，並加入組織SAF，以火焰超人的真身，為保護地面世界而戰。

战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！