某天，一个都市消灭了——　　独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的思念，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并逐渐逼近消灭都市的谜团。

2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密

非常喜欢甜点、性格活泼开朗的初中二年级生宇佐美一花，家里经营著一家名叫“Kirakira Patisserie”的甜品店。                                                                    　　有一天，她的在海外工作的妈妈回家了，正当她准备制作一件水果蛋糕给妈妈的时候，突然遇见了在自己面前从天而降——同样喜欢甜点的小精灵佩科琳。                                                                    　　从佩科琳那里她得知了邪恶势力正在准备偷走寄宿在甜品里的神秘甜蜜能量——基拉基拉尔（キラキラル），企图令全世界变得没有甜蜜的罪恶阴谋。                                                                    　　为了阻止这一阴谋，一花连同她的四个同伴一起变身成为传说中的甜品师“光之美少女”（Precure），与敌人展开了激烈的战斗，发誓要守护世上的甜蜜……

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