故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。　　杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。

　　故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。　　杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。

　　经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……　　本片根据松井优征的超人气漫画改编。

松隆奈奈子（花泽香菜 配音）是一个平凡的大学女生，一次偶然中，她邂逅了学长武蔵小麦（石田彰 配音）并迅速的坠入了情网。为了追随学长的脚步，松隆加入了小麦所在的“变研会”，哪知道，就是这样一个简单的决定，让松隆瞬间陷入了一个由各种变态组成的恐怖世界中。　　有受虐倾向的同级生水月美和子（高口幸子 配音），视金钱为上的莳子（河原木志惠 配音），摄影发烧友市河菱靖（森训久 配音）， 不良少女加藤杏奈（新谷良子 配音），在这些怪人的围绕下展开向往的大学生活真的没关系吗？没有任何变态嗜好的松隆又将在这样的生活里经历怎样的遭遇呢？

纯（逢坂良太 配音）升上了大学，每一天，他上课下课打工，过着枯燥而乏味的生活。某日，在打工的店里，纯意外得到了一本杂志，这本杂志专门教人如何使用杂志里附赠的零件来制作人偶，只要收集齐这一套杂志，按部就班的制作，就能够得到名为真红（泽城美雪 配音）美丽人偶。　　就这样，在好奇心的趋势之下，纯开始制作人偶。可就在快要完工的节骨眼上，纯却收到了杂志休刊的消息，而这一切背后的始作俑者，是名叫雪华绮晶（千叶千惠巳 配音）的人偶。当纯开始制作真红的那一刻起，人偶之间的战争再度拉开了序幕。为了完成自己的作品，纯决定亲自前往N之领域，寻找剩下的材料。

为了救货车上的少女，善良的少年日和见日郎（大浦冬华 配音）不幸被从天而降的钢管砸中，送往医院抢救后死亡。被日朗救下的金发少女出现在了葬礼的现场，经历了一番令人瞠目结舌的神秘现象后，本已经了无生气的日郎居然重新张开了眼睛。原来，少女名叫莉莉安奴（川澄绫子 配音），个性强悍的她有着让人望而生畏的身份——怪物之王的女儿。　　莉莉安奴的血液有令人起死回生的功效，而吸食了她血液的日郎，将成为她麾下“血的战士”中的一员。作为血之战士，日郎唯一的职责就是辅佐莉莉安奴，在激烈且残酷的王位争夺战中获得最终的胜利。而随着战争的升级，莉莉安奴不为人知的过去也渐渐的浮出了水面。

　　故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。　　天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的出现让春彦的青梅竹马木之坂雾乃（宫崎羽衣 配音）感到了强烈的危机感，她一直默默的喜欢着春彦。

　　多马（皆川纯子 配音）是生活在岛屿上的平凡的少年，吉德（小林希唯 配音）是自幼生长在孤儿院中的孤苦少年，两端看似一生都不会有交集的命运，却被一个名叫海尔嘉（河原木志穗 配音）的少女联系在了一起。为了遵循少女的愿望，两个少年将和她一起出逃，前去那个少女魂牵梦绕的地方。　　刑警库克斯（辻亲巴 配音）一直在调查一宗大量少年少女走失事件，在调查的过程中，一个叫做“贝佛鲁的孩子们”的群体出现在了他的眼前，他们白发，短命，在11岁时会集体死去，没有人知道他们为何而来又为何而死。然而这一次，由于海尔嘉一行人的参与，事件的真相即将揭晓。

一个陌生又充满乐趣冒险的暗杀组。杀手们回来了，但是这次他们有魔法了？！在这个全新的系列中，3年E班的孩子们在魔法学校学习剑术和魔法。他们的任务是什么？打败邪恶的恶魔之王老师和危险的魔法学校的考试！

动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。