新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。　　人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰，而且令科学家们感到惊恐的是，此战舰中的高科技表明外宇宙科技比地球目前的科技要先进许多。这也证实了比安博士之前就提出过的存在准备向地球进攻的外宇宙文明的假想，地球已经危在旦夕了。　　在危机一步步逼近的情况下，一部分科学家对于外宇宙的高科技已经恐惧到了极点，许多人提出了逃离地球、移居其它星球的提议，而地球联邦政府的高官们并未意识到此事件的严重性，一方面极力隐瞒巨型战舰坠落的真相，一方面仍然一如继往地过着腐败不堪的生活。　　在此危急之时，比安博士提出“人类无处可逃”，主张积极地发展军事与科技，全面准备抵抗异星人的入侵。为此以比安博士为首，科学家们加紧对战舰中的EOT技术进行解析与调查；而联邦军中的积极派也开始行动。　　新世历183年1月，比安博士在南亚得里亚岛的EOT研究机构创建DC组织，并进行对异星人用新机体的研制与开发。　　新世历185年6月，联邦军极东支部在DC、玛奥军工厂及迪斯拉.雷希研究所的协力下，开始SRX计划。

小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。

故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

将自然现象、物理法则的再现与物质的生成以超物理的方式实行的技术体系「咒式」。通过这种咒式，人类将过去被称作「魔法」而受人畏惧的力量，成功地自由操纵。「咒式」给生活的各种领域都带来了恩惠，甚至大有将曾经飞扬跋扈的「龙」以及「异貌者」都驱逐之势，并实现了急速的发展。　　靠使用咒式解决问题并赚取赏金为生的两位攻性咒式士，嘉优斯与吉吉那。在混沌的国境城镇艾理达那经营咒式士事务所的他们，收到了狩猎「龙」的工作，但那却是错综复杂的阴谋与策谋的开始——

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

1997 年放送のシリーズに関わっていたスタッフを迎え、サトシとピカチュウの「いつもの、特別な一日」を描く、年内最後の放送にぴったりなスペシャルエピソードとなっています。

ファン送別会 最終章

刚转学到乡下的雨宫修平（神木隆之介 配音），是一个励志成为钢琴家的小学5年级学生。刚进新班级就被班上同学捉弄了，同学一濑海挺身而出替他解围（上户彩 配音），两人从此相识。在一之濑海的带领下，雨宫修平见到了一架被舍弃森林中的钢琴，并发现这架钢琴只有一濑海能弹出悦耳的琴声。音乐老师阿字野（宫迫博之 配音），在听说海能够弹响这架钢琴之后，却表现出了出人意料的激动。原来，那架钢琴正是阿字野丢弃的。一濑海知道许多音乐家的曲子，当他回到森林演奏时，发现只有肖邦的小狗圆舞曲无法演奏。于是，第二天便拜托阿宇野教自己演奏小狗的方法，却被教导弹音阶。在几天的练习后，终于如愿以偿的能弹小狗了。作为回报，海答应完成阿宇野的一个愿望——参加全日本钢琴大赛的地区预选赛，他能通过预赛，并弹出属于自己的心灵音乐吗……　　本片改编自日本漫画家一色诚的同名漫画。

暂无剧情