2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の劇場版アニメーション。1日と1日の狭間に存在する「影時間」に出現する異形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。

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死を知り、死を見つめ、死と向き合う。さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城理と仲間たち。その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、理が下す決断とは……。

2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。

故事舞台是在现代的意大利都市，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女给予医治和帮助职业训练的福利机构，但实际上是将收容的少女加以义体改造并投入药物加以洗脑制约使其成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配一位辅佐官，而这组合称为“fratello”是意大利语中“兄妹”之意，每位少女对其辅佐官都有制约造成的混合了爱情及亲情的绝对忠诚。跟社会福址公社敌对的恐怖组织是被称为“五共和国派”的组织。该组织的政治诉求，是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”（Lega Nord）党首Umberto Bossi所提倡，意大利北部8省与中部3省（包括托斯卡纳（Toscana），翁布里亚（Umbria），马尔凯（Marche））应该自意大利共和国分离独立的主张，并依此实行武装抗争运动的组织（但在现实中的意大利并无此组织，真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动）。

分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的袭击，而从这些地方发来的通缉令全部指向了木叶村的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）。鸣人百口莫辩，最终被五花大绑，投入了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛之上，四周波涛汹涌，怒浪滔天，小岛悬崖峭壁，地势险恶。此处囚禁着或罪大恶极或忠义至上的上忍，加上城主无为（寺杣昌纪 配音）严酷的统治及严密防卫，鬼灯城堪称绝对无法逃脱的死地。即使明知不可为，鸣人也要想方设法从此地逃脱。在这一过程中，令他蒙受不白之冤的阴谋渐渐浮出水面……　　本片根据日本漫画家岸本齐史的同名经典原著改编，为该系列电影版的第八部。

　　可可露（斋藤千和 配音）、伊娜（泽城美雪 配音）和爱洛朵（市原由美 配音）是相依为命的三姐妹，彼此之间的感情非常的要好。三姐妹继承了父母留下来的一间图书馆，这间图书馆名为可可露图书馆。　　可可露图书馆里非常的冷清，几乎无人问津，这让对这份职业满怀期待的可可露稍微的有些失望，但很快的，第一位客人走了进来，他的名字叫做星野枫。可可露顺利的完成了自己的第一次服务，并且和星野枫约定了还书的日子。可是，眼看着还书日越来越近，星野枫却总也不见人影。终于，等不及的可可露决定前往星野枫的家，可是当她到达那里时却得知，星野枫已经搬走了。

炎魔（德本恭敏 配音）从火焰之中化身而来，他的使命是追捕狩猎从魔界逃脱，散落在世界各处作恶的“魔”。为了完成使命，雪鬼姬（千叶纱子 配音）是寒冰的化身，与此同时亦是炎魔的助理，两个性格和身份都截然相反的人之间却有着十足的默契。　　在河童妖怪卡巴艾尔（佐藤介词 配音）的帮助和引领之下，炎魔和雪鬼姬来到了人间，成立了炎魔事务所。某日，一位名叫亨利希的德国男子出现在了炎魔的面前，希望炎魔能够帮助她寻找失踪的女儿罗拉，然而，此时此刻的炎魔并不知道的是，他和雪鬼姬因此而陷入了一个充满了绝望亦没有出路的黑暗世界之中。

在并不遥远的未来，愚蠢的人类发动大规模战争，将赖以生存的世界变成废墟。昔日的国际大都会纽约，破破烂烂的街上走来了杜南·纳兹（Luci Christian 配音）及其半机械人男友布里艾诺斯（David Matranga 配音），他们刚刚搞砸贪婪大佬双角（Wendel Calvert 配音），无奈只得再度延后前往奥林帕斯的日期。双角承诺交给二人最后一次任务，谁知杜南他们却意外救下了被鸵鸟人战斗机器追杀的艾瑞丝（Brina Palencia 配音） 和 奥尔森（Adam Gibbs 配音）。后者来自奥林帕斯，此行他们肩负了关系全人类命运的绝密使命。谁知战争狂人塔洛斯（Josh Sheltz 配音）带着手下精兵悍将尾随而至，企图掌握艾瑞丝她们的秘密。杜南、布里乃至双角都被卷入这场难以预料的战斗中去……