有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANA FISH”之谜——

　　故事发生在地处偏远的小岛“浦岛”上，虽然那里风景如诗如画民风淳朴又自由，但世世代代都生活在那里的原住民们，他们被曾经发生过的事情和古老的繁文缛节所限制。随着时间的推移，无法看到未来希望的居民们开始自暴自弃。                                                                    　　一天，一位名为三千里切那（铃木达央 配音）的男子被海浪冲到了沙滩上，失去了重要的记忆的他，只知道自己背负着拯救世界的使命。在岛上，切那邂逅了只在夜晚出门的顽固家里蹲御原凛音（田村由香里 配音）、个性大大咧咧有些男孩子气的枢都夏莲（阿澄佳奈 配音）和拥有着悲惨身世灵感力极强的伽蓝堂纱罗（山村响 配音）。

长久以来，名为“荒魂”的魔物威胁着人类世界的安全，然而一物降一物，对抗荒魂，则要请出随身携带着御刀的巫女们。她们隶属于日本特别祭祀机动队，是一群特殊的存在。平日里，巫女们在学校中过着平凡的校园生活，然而，一旦荒魂开始肆虐，女孩子们就必须拔出御刀，开始充满了危险和死亡的战斗。　　个性开朗活泼的卫藤可奈美（本渡枫 配音）、拥有着和年龄不相称的沉稳气质的十条姬和（大西沙织 配音）、温柔高贵的千金大小姐柳濑舞衣（和气杏未 配音）、沉默寡言内向不羁的糸见沙耶香（木野日菜 配音），在和荒魂战斗的同时，这些少女们还在争夺着专门为她们设置的竞技比赛的冠军宝座。

在绿意盎然的边境小村住着一个吃货少女，她的名字叫做琳。而豪华的王都则有一个名叫菲妮斯的歌姬，孤独地居住在王宫深处。她们两人都拥有着特别的力量，那就是通过唱歌能够引发包括治愈伤口、生出水源、起风等奇迹般的现象，而命运却将这两人引导向一条残酷的旅途.......

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被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......

　　由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。                                                                    　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。                         

　　故事发生在冈山县仓敷市，高中女孩森川心音（高畑充希 配音）与父亲桃太郎（江口洋介 配音）相依为命。心音最为擅长的就是睡觉，无论身处何方，只要她想似乎就随时可以进入梦乡。不过最近一段时间睡觉让心音有点儿闹心，因为反反复复她总是做同一个梦。而父亲似乎只对改造汽车感兴趣，对女儿的烦恼全然没有半点察觉。2020年，就在东京奥运会召开前三天，桃太郎突然被警察逮捕。心音坚信父亲绝对清白，于是她找到童年时的好友，正上大学的佐渡守生（满岛真之介 配音），结伴前往东京拯救父亲。在此途中，女孩不断从自己的梦中得到启示，而这些恰恰成为解开父亲被捕之谜的谜团。　　因此，心音决定利用自己的睡觉技能，完成这次交织着梦和现实的冒险之旅……

故事发生在冈山县仓敷市，高中女孩森川心音（高畑充希 配音）与父亲桃太郎（江口洋介 配音）相依为命。心音最为擅长的就是睡觉，无论身处何方，只要她想似乎就随时可以进入梦乡。不过最近一段时间睡觉让心音有点儿闹心，因为反反复复她总是做同一个梦。而父亲似乎只对改造汽车感兴趣，对女儿的烦恼全然没有半点察觉。2020年，就在东京奥运会召开前三天，桃太郎突然被警察逮捕。心音坚信父亲绝对清白，于是她找到童年时的好友，正上大学的佐渡守生（满岛真之介 配音），结伴前往东京拯救父亲。在此途中，女孩不断从自己的梦中得到启示，而这些恰恰成为解开父亲被捕之谜的谜团。　　因此，心音决定利用自己的睡觉技能，完成这次交织着梦和现实的冒险之旅……

承受着残酷命运的少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音）与强敌鲍伊德（矶部勉 配音）进行着实力悬殊的惨烈战斗，危急时刻，号称万能兵器的犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）出现，拯救了濒临死亡的芭洛特。当芭洛特再次醒来，发现自己正置身于传说中的禁忌科学诞生之地——“乐园”实验室，再次她见识了许多奇怪的发明，并了解到“乐园”和三博士的过去。经过一番追查，她终于得知榭尔（中井和哉 配音）的记忆正藏在卡西诺赌场的一枚筹码之中。为了追查榭尔的过去，芭洛特化装成赌客走入凶险的赌场……　　本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中第二部（另两部分别为“压缩”和“排气”）。